W 2006 r. Paweł Łatacz, mianowany dyrektorem PPL LOT przez ministra Jerzego Polaczka, dokonał reorganizacji przedsiębiorstwa. Przebudowano na przykład pion bezpieczeństwa: zlikwidowano zespół szkolący pracowników lotnictwa cywilnego w zakresie ochrony, wyłączono z pionu bezpieczeństwa lotniskową straż pożarną itd. Mimo to z 24 istniejących wcześniej w tym pionie komórek zrobiło się 27. Kierownikiem pionu został Krzysztof Paczóski - którego wcześniejsze doświadczenia zawodowe związane były z organizowaniem przetargów w Miejskim Przedsiębiorstwie Wodociągów i Kanalizacji w Warszawie (potem z PPL LOT trafił do Orlenu).
W związku z reorganizacją w samym tylko 2006 r. z pracy w PPL LOT zwolnionych zostało 154 pracowników. W tym samym okresie przyjęto 381 nowych. - A wszystko to pod hasłem ograniczenia zatrudnienia i redukcji kosztów - mówią zwolnieni.
Zgodnie z obowiązującym w PPL LOT od 1999 r. Zakładowym Układem Zbiorowym Pracy, osobom zwalnianym z pracy w związku z reorganizacjami firmy przysługują gigantyczne odprawy: od 12-krotności średniego wynagrodzenia w przedsiębiorstwie (dla osób, które przepracowały w nim od 3 do 5 lat) do 36-krotności (przy stażu dłuższym niż 10 lat). Pod koniec 2006 r. - gdy zwolniono znaczną część pracowników - średnie wynagrodzenie w PPL LOT wynosiło ponad 8,3 tys. zł (!).
Na odprawy dla 154 pracowników władze PPL LOT musiałyby przeznaczyć kilkadziesiąt milionów złotych. Odmówiły jednak wypłacenia pieniędzy. Zwolnieni występują więc o przyznanie należnych im kwot do sądów pracy. Kilku osobom sądy przyznały już po kilkaset tysięcy złotych odprawy i kilkadziesiąt tysięcy złotych odsetek.