Przyszedł na świat w 1851 r. w Smoguleckiej Wsi niedaleko Gołańczy. Jego ojciec Józef Napoleon po okresie burzliwej młodości (powstaniec listopadowy, emigrant, europejski rewolucjonista i mason) został administratorem dóbr smoguleckich hr. Karola Czarneckiego i Eleonory z Mielżyńskich, których małżeństwo bez miłości akurat dogasało. Kościół unieważnił ich ślub, co umożliwiło Eleonorze wyjście za Czapskiego. W 1851 r. urodziła syna Bogdana, a rok później jej drugi mąż umarł na cholerę.
Eleonora Czapska we wdowieństwie przeżyje jeszcze 23 lata, poświęcając je na pielęgnowanie swego zdrowia oraz wykształcenie i towarzyskie ustawienie syna. Pomocne okazały się tu przyjaźnie zadzierzgnięte jeszcze na pensji w Berlinie. Mężowie jej koleżanek, a także poznana w uzdrowisku cesarzowa Augusta to pierwsi protektorzy Bogdana. On sam „odebrał wychowanie na wskroś kosmopolityczne”. Po pierwszych latach nauki w Poznaniu, dalej kształcił się w Szwajcarii i Francji. Poznał członków panującej dynastii, niemieckich i francuskich arystokratów.
Wybuch wojny francusko-pruskiej zastaje Czapską z synem w Paryżu. Bogdan wywozi matkę do Ostendy. Chce jako ochotnik wstąpić do pruskiej armii, ale z uwagi na stan zdrowia dostaje odmowę. Decyduje się „być blisko Ojca Świętego w godzinie potrzeby”. Francuski garnizon w 1870 r. opuszcza papieża i Państwo Kościelne. Wojska Wiktora Emanuela wkraczają do Rzymu. Staje się on stolicą jednoczących się Włoch, a papież Pius IX – „więźniem Watykanu”. Czapski wchodzi w krąg osób świeckich z najbliższego jego otoczenia. Składa też egzamin na licencjata prawa kanonicznego. Choć pociąga go medycyna, uznaje, że w karierze bardziej przydatne będzie prawo, które później zgłębia w Wiedniu, Berlinie i Heidelbergu.