Nazwisko Jana Karskiego najbardziej bezpośrednio kojarzy się z przekazanym na Zachód raportem o Zagładzie, niesłychanie silnie wzmocnionym jego osobistym świadectwem. Ale trzeba zdawać sobie sprawę, że przygotowanie tego raportu było tylko częścią obowiązków, które pełnił jako emisariusz Polskiego Państwa Podziemnego i rezydującego na obczyźnie polskiego rządu.
Pierwszą misję spełnił, kiedy polskie podziemie dopiero się wykluwało. W styczniu 1940 r. dotarł do siedziby rządu polskiego, do Angers we Francji, z raportem o sytuacji Polski pod rządami okupantów i o nastrojach Polaków, a także (i głównie) z informacjami i dezyderatami środowiska politycznego bliskiego gen. Władysławowi Sikorskiemu. Drugą misję – w kwietniu 1940 r. – odbył jako wysłannik rządu z przekazem do utworzonego dopiero co w kraju Politycznego Komitetu Porozumiewawczego. Miał spotkać się z przywódcami rozmaitych stronnictw politycznych i ich opinie co do strategii walki i zadań rządu na emigracji, a także uwagi i postulaty wojskowych, którzy wnet staną na czele polskiego podziemia zbrojnego, przekazać do Francji. Zlecone zadanie wykonał i udał się w czerwcu 1940 r. (trzecia misja) w drogę do Angers.
Gdyby się udała jak misja pierwsza; gdyby nie spotkała go zdrada przewodnika Słowaka; gdyby nie aresztowanie przez gestapo i próba samobójcza, po której osadzono go w szpitalu nowosądeckim, skąd, dzięki akcji konspiracyjnego Związku Walki Zbrojnej, zdołał uciec – kto wie, czy Jan Karski znalazłby się w panteonie najwybitniejszych postaci XX w. Owszem, zapisany zostałby jako odważny, zasłużony kurier – jeden z kilku lub nawet kilkunastu, którym powierzono szczególne zadania.
Po ucieczce ze szpitala przebywa w Krakowie, a następnie w Warszawie, gdzie przez rok działa w Biurze Informacji i Propagandy Komendy Głównej AK.