Pierwsze bazy Al-Kaidy powstały w drugiej połowie lat 80. w Pakistanie. Stanowiły wtedy zaplecze i punkt przeładunkowy dla mudżahedinów walczących z Rosjanami w Afganistanie. Gdy Armia Czerwona zaczęła przegrywać, Al-Kaida przeniosła tam swoją główną kwaterę. Po zwycięstwie nad Rosjanami kierownictwo przeniosło się do Sudanu, gdzie władzę na początku lat 90. przejęli fundamentaliści islamscy. Po konflikcie z Sudańczykami liderzy ugrupowania wrócili do Afganistanu i tam, pod skrzydłami talibów, zaczęli budować nową organizację. Na ten drugi okres afgański przypada pierwszy globalny sukces Al-Kaidy – zamachy bombowe w Kenii i Tanzanii. Prawdopodobnie to właśnie w Afganistanie przygotowano ataki na World Trade Center. Po amerykańskiej inwazji w 2001 r. Al-Kaida została osłabiona, jej silny nowy oddział powstał w Iraku. Jednocześnie organizacja utrzymywała bazy zaopatrzeniowe i szkoleniowe w ogarniętej anarchią Somalii. Dziś głównym matecznikiem Al-Kaidy znów jest pogranicze afgańsko-pakistańskie, tzw. Af-Pak, a Jemen stał się jej najważniejszym zachodnim ośrodkiem.