Informacje i zarzuty dotyczące tej sprawy zaczęły się pojawiać, gdy kończył się pontyfikat Jana Pawła II. Papież z Polski mianował Włocha kardynałem w 1991 r. i zaraz potem sekretarzem stanu. Tę funkcję Sodano pełnił do 2006 r. Jego dorobek i wpływy w Watykanie musiały być wielkie, skoro pozostał na tym kluczowym stanowisku po śmierci Jana Pawła II i przekroczeniu wieku emerytalnego, wynoszącego w Watykanie 75 lat.
Przedłużenie funkcji zawdzięczał Benedyktowi XVI. Ratzinger mianował Sodano także dziekanem kolegium kardynalskiego. Dygnitarz pełnił więc dwa bardzo ważne dla działania Watykanu urzędy. Ze stanowiska sekretarza stanu ustąpił po roku z okładem, w 2006. Pozostał dziekanem kolegium kardynalskiego i z tej racji zwołał konklawe po rezygnacji Benedykta XVI w 2013 r.
Czytaj też: „Nie powiem tak, nie powiem nie”. Biskup, który krył pedofilów
Nałożył pierścień Franciszkowi
Po śmierci Wojtyły Sodano nie był brany pod uwagę z powodu sędziwego wieku jako jego następca, a jednak papieżem wybrano wtedy Josepha Ratzingera, od którego Sodano był nieco młodszy. Na konklawe po rezygnacji Benedykta kandydatura Sodano nie wchodziła w grę. Niemniej to jemu, z racji urzędu dziekana, przypadł zaszczyt nałożenia pierścienia rybaka, symbolu godności papieskiej, kard. Bergoglio. Papież Franciszek przyjął rezygnację kard. Sodano z tej funkcji w 2019 r.
Sodano miał udział jako dyplomata w ważnych wydarzeniach. Był nuncjuszem w Chile za dyktatury gen. Augusto Pinocheta. Zabiegał o zwolnienie niektórych więźniów politycznych junty wojskowej, ale gdy generał został zatrzymany podczas wizyty w Wielkiej Brytanii w 1998 r. pod zarzutami o ludobójstwo i terroryzm państwowy, Sodano przyłączył się do apeli o zwolnienie go i ekstradycję do Chile. Sodano kontaktował się z władzami Kuby w sprawie zwolnienia więźniów politycznych reżimu Fidela Castro (część zwolniono, później aresztowano kolejnych). Wbrew stanowisku Izraela doprowadził do porozumienia Watykanu z Autonomią Palestyńską. Tak jak Jan Paweł II sprzeciwiał się wojnie „prewencyjnej” z Irakiem Saddama Husajna, choć wzywał rządy państw demokratycznych do położenia kresu wojnie domowej w Jugosławii. Wytykał państwom Zachodu podwójną miarę w ich postawie wobec Iraku i Izraela.
Wykształcony filozoficznie i teologicznie, ogłosił światu, że Kościół ujawni pełną treść tzw. trzeciej tajemnicy fatimskiej. Przed wizytą Jana Pawła II w Sri Lance łagodził napięcie wywołane słowami Wojtyły, że buddyzm jest w znacznym stopniu ateizmem i odwraca się od zła tego świata plecami.
Czytaj też: Pożar w Kościele
Funkcjonariusz systemu kościelnego
Kardynałowi Sodano nie stało jednak odwagi i woli działania w obliczu kryzysu pedofilskiego w Kościele. Tu swoje umiejętności, kontakty i wpływy wykorzystał z efektem negatywnym. Sprawdzał się jako dyplomata, ale na polu hańby i wstydu zachował się jako funkcjonariusz systemu kościelnego. Doniesienia o przestępstwach i nadużyciach seksualnych z udziałem księży lekceważąco nazwał plotkami. Miał naciskać na kard. Ratzingera, późniejszego papieża, aby nie kontynuować śledztw w głośnych i bulwersujących sprawach austriackiego kard. Hansa Groëra i „legionisty Chrystusa” Meksykanina Marciala Maciela.
Groëra oskarżono o molestowanie seksualne kleryków. Jan Paweł II go zdymisjonował, ale dygnitarz nie stanął przed sądem i do końca życia zaprzeczał oskarżeniom. Księdza Maciela oskarżono o podobne przestępstwa i kontakty seksualne z kobietami. Watykan ostatecznie ogłosił raport w tej sprawie w 2010 r., czyli za Benedykta XVI, potwierdzający, że Maciel prowadził niemoralne podwójne życie, dopuszczając się przestępstw i wprowadzając Kościół w błąd. Jan Paweł II nie zareagował na zarzuty dotyczące Maciela, nazywanego niekiedy największym w historii zbieraczem funduszy dla Kościoła. Kardynałowi Sodano zarzucono także współudział w tuszowanie seksualnych nadużyć popełnianych przed amerykańskiego hierarchę kard. Theodore′a Mc Carricka.